每座寺院，都是一個自成天地的「環境」。自古至今，不分小大，幾乎無一例外。因此，在設計法鼓山寶雲寺時，我們的目標從不是如何設計「一座寺廟」或「一棟房子」，而是希望能塑造出身處在都市大環境中的，一個自在的小環境。而藉由聖嚴師父提示的「本來面目」，以及法鼓山世界佛教教育園區創建時「三個三門」的二個重點，做為設計方向的導引，使得寶雲寺不致偏離法鼓山信仰的基本精神。

設計上所面臨的挑戰之一，是如何在形狀狹長的都市基地上，做出飽滿合宜的使用配置。由於基地前後面臨兩種截然不同的環境—北側臨60米寬的市政路，且正對新市政中心中央軸線，尺度壯闊、氣度莊嚴；而南側面臨寬度僅10米的政和路及寧靜的住宅區，尺度親切、氣氛宜人。因此設計上將建築量體及使用空間盡量安排近基地北側，而將空地留設在南側，形成可接引團體來賓的戶外大庭院，不但對住宅區不會形成壓迫感，同時更增添了綠意，與鄰近環境融合。在室內的平面安排上，因基地狹長，在東西側則除了留設必要的防火間隔外，將建築面寬(近23米)全幅作足，以爭取室內空間寬度。