配置構想
本期新建多功能教學活動中心暨體育館、教學研究大樓二期、學生宿舍二期等三類建築群。校園鄰近濱海地區，由於冬天東北季風強烈，利用量體圍合及風雨走廊連接一期及二期各棟建築體，創造多層次開放空間及舒適的學習環境。二期工程建築風格與型態延續現有建築，塑造整體意象，並納入校園特有的山、海、風、林、石、水、陽光、生物及「馬偕人」等元素。

多功能活動中心
外觀以三芝特有的風陵石為造型概念，象徵馬偕當年誓言「我要在此立下教會的基石」。依使用需求分散量體，減少對環境的衝擊。體育館及多功能展演廳入口動線分層區分，以利大型集會人潮交流及疏散。

教學研究大樓二期
外觀以馬偕博士「寧願燒燼、不願鏽壞」之精神塑造地標性植生牆，並與一期大樓新舊空間整合。分區各棟間以迴廊串聯，並廣設交誼停駐空間，增加師生交流互動。

宿舍二期
建物配置以聖經中「我是葡萄樹」之隱喻，順應地形配置宿舍量體並以通廊串連。形體看似獨立卻又互相連通，以家庭單元為群組，塑造由小至大、由私密至開放之空間架構及層次。住宿單元皆採南北向配置，以達到較佳之通風採光效果，增加住宿舒適性。